El proceso de negociación, desarme, desmovilización y reintegración de las estructuras paramilitares que se llevó a cabo entre 2002 y 2006 fue un proceso marcado por distintas controversias e irregularidades, tales como la delimitación de varios frentes como bloques al momento de la desmovilización, el reclutamiento de personas para ser presentados como miembros de las estructuras e incrementar las cifras de integrantes activos, la exclusión del proceso a menores de edad que pertenecían a estas estructuras para invisibilizar su situación y el reporte de la participación en rangos menores a los que realmente se ejerció.
Además, el proceso estuvo marcado por tensiones al interior de las AUC, que llevaron a que las negociaciones y procesos de desarme no fueran simultáneos, siendo el Bloque Elmer Cárdenas el último en desmovilizarse en 2006, mientras que el primero fue el Bloque Bananero en 2004.
La forma como se desenvolvió el proceso no contribuyó a que se desmantelaran las dinámicas de conflictividad y violencia en el territorio, sino que por el contrario propició que los espacios controlados por las estructuras que se desmantelaron inicialmente fueran cooptados otras estructuras de las AUC que adelantaban negociaciones o por nuevas organizaciones que se conformaron por quienes no decidieron hacer parte del proceso. De esta manera se generaron nuevos grupos postdesmovilización que han mutado con el tiempo y continúan haciendo presencia en el territorio, afectando negativamente los procesos de restitución de tierras y de reparación a las víctimas del conflicto.
La desmovilización de las estructuras paramilitares llevada a cabo entre 2003 y 2006, no fue el primer y único proceso de este tipo efectuado en la región estudiada, pues para 1991 se desarmaron los Tangueros, grupo comandado por Fidel Castaño, quien utilizó el mismo para lograr transitar a la legalidad sin responder por sus acciones. La estrategia implementada fue clave para el surgimiento de las ACCU, pues mostró como a través de la constitución de organizaciones legales, como fundaciones y ONG orientadas al desarrollo social era posible legalizar los recursos obtenidos en la guerra.
En la experiencia de desarme de los Tangueros se presentaron una serie de irregularidades tales como la no adopción de mecanismos de sometimiento a la justicia, control y reinserción, pese a que en la época existían instrumentos normativos que podrían haberse implementado con este fin; y el no registro del proceso ante el Ministerio del Interior. A esto se sumó la conformación de la fundación PAZ de Córdoba FUNPAZCOR como estrategia para asegurar el control de las tierras arrebatadas forzosamente, bajo la figura de la donación a ex miembros de estas estructuras y a campesinos para el desarrollo de proyectos productivos; lo cual nunca operó en la práctica y por el contrario sentó las bases para la conformación de la Autodefensas campesinas de Córdoba.
La Desmovilización escalonada de los bloques paramilitares en el Urabá antioqueño, el Bajo Atrato, el Darién y el Sur de Córdoba estuvo determinada por dos fenómenos: las disputas de poder entre los comandantes del llamado Estado Mayor de las AUC y la reconfiguración de las estructuras armadas, lo que implicó una redistribución de territorios estratégicos
No puede trazarse como tal una ruta de desarme y desmovilización, por el contrario, se identifican varios lugares o puntos de concentración temporales de las estructuras paramilitares, de los que se arrancó para el desarrollo de ceremonias de entrega de armas.
En materia de desvinculación de niños, niñas y adolescentes, durante la fase exploratoria de negociación con las AUC lo hicieron 391 niños y niñas, con lo cual estos quedaron excluidos de la desmovilización formal y por tanto fueron enviados a sus casas sin que se les proporcionara un acompañamiento y accederían a los programas institucionales de desmovilización y las garantías que estos ofrecen.
En materia de reintegración, el mecanismo permitió evidenciar el desconocimiento por parte de los excombatientes del funcionamiento de las medidas planteadas para tal fin, en particular sobre el tema de los proyectos productivos y las dificultades para su desarrollo. Un caso emblemático es el de Construpaz, iniciativa de reintegración constituida bajo la figura de cooperativa. Esta tenía como objetivo facilitar la realización de los proyectos productivos, sin embargo, fue abandonada, lo que llevó a que muchos excombatientes consideraran como perdida el dinero invertido.
Después del proceso de desmovilización de las AUC surgieron nuevos grupos armados que buscaban mantener el control territorial en zonas del Departamento de Antioquia, Chocó y Córdoba, siendo estos resultado de procesos de rearme. En la operación de los grupos postdesmovilización se identifican dos etapas, la atomización violenta, ocurrida entre 2006 al 2010, y la recomposición que comprende un periodo desde el 2011 al 2015, jugando un rol central el narcotráfico.
Surgieron así varios grupos, tales como los Traquetos y los Vencedores del San Jorge, en el Sur de Córdoba, y entre otros que buscaban su expansión territorial y que fueron caracterizados por las autoridades como Bandas Criminales emergentes. Estos generaron nuevas afectaciones en los territorios al erigirse en actores de control y regulación que cometieron vulneraciones contra la población civil y las personas desmovilizadas, siendo algunas de ellas objeto de nuevos reclutamientos y asesinadas por negarse a conformar grupos emergentes.
